荧光显微镜的调节采用透射激发时，可以使用兰色光线根据普通明场照明法进行照明系统的调节，这包括光源调节及聚光镜中心的调节。如果采用暗场聚光镜，则还需要注意暗场聚光镜的使用及调节方法，当用兰色光线调节好后，就可采用更换滤的方法，使标本得到所需要的激发光线照射标本，但要注意使遏止滤光片已在光路中，这样可以保护观察者眼睛免受紫外线损伤。采用反射激发时，先在光路中加入绿色激发滤光片组，把照明可变孔径光阑与视场光阑完全打开，调节光源位置，使照明光束通过物镜转换器的螺孔中央并使光源成象于物平面上，此时物镜螺孔应是通孔（不装物镜） 。检查激发光束是否通过物镜螺孔中央，可在螺孔端面上放置半透明纸观察光源光斑是否居中，在某些显微镜中，光源是在垂直面内调节其上下左右位置，反射偏光显微镜，而光源成象是通过集光镜沿轴方向移动来达到的。在安装光源时要注意光源表面不能沾污手指印及其他斑痕， 以免点燃过后， 难以清洁，偏光显微镜，因此，新安装光源时，使用前灯壳表面可用纱布蘸上酒精等揩檫干净，偏光显微镜，此外，还需要注意电极方向，根据光源要求进行安装，以免发生意外或点燃不亮，灯管应装入灯箱内方可点燃，徕卡偏光显微镜，以防万一---。 激发滤光片及遏止滤光片如何组合使用应根据不同荧光标本的激发方法进行选择，一般也可根据使用说明书的配套方法进行选用。
显微镜镜筒在比较老式的镜台中显微镜筒式物镜和目镜之间的连接部分，镜筒具有一个的长度，被称为机械筒长，它是指从物镜的肩部到目镜上缘的长度。在现代的显微镜台中，已经不再把物镜转换台、镜台和镜筒固定的连接起来，物镜转换台和镜筒都是可以更换的，这种两种结构成分的自由度具有的---性。各种不同类型的镜筒，它们在镜台上可以旋转360度，镜筒的连接部位装有坚硬的铬合金圈，即使使用多年也不易磨损，并且仍然能够方便的进行调节。1、单目镜筒 这是一种向前倾斜45度并且只有一个目镜的镜筒，它主要用于简单的教学显微镜，对于荧光显微镜中非常昏暗的像经常使用这种镜筒。2、观察双目镜筒 这是一种向前倾斜30度，并且有两个目镜的镜筒，它通过一个棱镜系统把光平分到两个目镜中。3、照相双目镜筒 这种镜筒上有一对向前倾斜30度的目镜和一个直立的照相镜筒，照相镜筒上可以安装各种类型的显微照相机。4、可变镜筒 这是一种安装在镜台和镜筒之间的特殊装置，它允许镜筒因数在1×和3.2×之间的范围内连续变化。5、讨论目镜筒 这是一种可供两个人同时进行观察和讨论的特殊镜筒。
在掌握了镜片的磨制技术后，列文虎克将镜片组装成复式显微镜，并用它们发现了人类---见到的细胞。典型的列文虎克显微镜很小，结构很巧妙，由一块扁平宽大的镜身、一个镜头、一个针形载物台、两个螺钉构成的。透镜被镶嵌在两块凿出小孔的黄铜片之间，螺钉可以用于调节标本与透镜之间的距离，以调整焦距。使用时，先将标本固定在针尖上，拿起显微镜对准光源，调节螺钉令影像达到状态便---察。
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